^* "Les secrets de son Système": comme le dit Jean(I-1) : "En tête était le Système ", mot meilleur que Verbe ou Parole, pour désigner une Réalité divine qui ”tend vers Dieu” tous les êtres. Il s’ agit de la CLEF du secret de l'Etre, Loi de la Vie et équation de l’ action de Dieu: LUI seul EST, il n’ y a qu'un seul ETRE, et la mort n'existe pas autrement que comme passage à la vraie Vie, à Dieu.
^** Jésus comme le Père est ici qualifié de ”Vivant” ou "donneur de Vie éternelle": celle de la dimension de Résurrection, celle du Royaume des morts (comme nous disons), mais qui est en réalité le seul domaine de la vraie Vie : Dieu même.
^*** Thomas est appelé Didumos Judas Thomas. Didumos voulant dire ”jumeau", l’ Evangile serait-il attribué à Thomas, jumeau de Jude, ou à Jude et Thomas? L'attribution à Thomas seul est explicitement répétée à la conclusion de la dernière page du livre: ”Evangile selon Thomas”.